Kynäjalava on maamme harvinaisin luonnonvarainen puulaji. Se on lähinnä lauhkean vyöhykkeen mantereinen laji, jonka levinneisyyden pohjoisraja on Etelä-Suomessa ja länsiraja Ranskan koillisosissa.
Valtaosa Suomen luonnonvaraisista puista, joita on vain muutama tuhat, kasvaa Hämeessä Kuloveden -Pyhäjärven -Vanajaveden rantojen tulvavyöhykkeen yläosissa ja vesijättömailla. Pieniä hajaesiintymiä on myös merenrannalla, puronvarsikorvissa ja kuivissa lehdoissa lähinnä Uudellamaalla.