Makedonianmänty on nuorena hidaskasvuinen puu, joka saavuttaa silti parhailla kasvupaikoilla Balkanilla 27-34 metrin pituuden. Latvus on tuuhea ja kartiomainen sekä oksat lyhyet ja paksut. Nuorin kasvainranka on vihreä, kiiltävä ja kalju.
Neulaset ovat viisittäin neulastupessa. Kävyt riippuvat lyhyissä perissä, ne ovat kapeat ja 8-15 cm pitkät. Puu tuottaa runsaasti käpyjä jo nuorena.